2006年世界杯给到南美洲的参赛席位依旧是4.5个席位。但由于卫冕冠军不再享有直接晋级的福利，02世界杯冠军巴西队也将参加此次预选赛。
和以往一样，南美洲的10支球队展开主客场的双循环赛制，积分前四的球队晋级世界杯。第5名则获得洲际附加赛。
首轮比赛于2003年9月6日和7日陆续进行，厄瓜多尔2:0委内瑞拉，秘鲁4:1巴拉圭，乌拉圭5:0玻利维亚，纷纷在主场取得开门红。阿根廷队虽然也是坐镇主场，却在半场两球领先的大好形势下，在下半场被智利队连进两球，只能接受2:2的平局。
哥伦比亚是本轮唯一主场输球的球队，谁让他们遇上了五星巴西。罗纳尔多和卡卡上下半场的进球帮助巴西队客场2:1战胜对手。绝大部分人不会想到，这竟是手握两座世界杯冠军的外星人首次出战世界杯预选赛。
9月10日，第2轮比赛开打。阿根廷队一扫首轮不胜的阴霾，在委内瑞拉凭借艾马尔、克雷斯波、德尔加多上半场的进球，客场取得了首场胜利。
回到主场的巴西队凭借小罗上半场的进球，1:0战胜了到访的厄瓜多尔队，取得两连胜。
其余场次中智利主场2:1战胜秘鲁，玻利维亚在自己的恐怖高原主场四球横扫哥伦比亚，巴拉圭同样在主场4:1拿下乌拉圭。
两连胜的巴西在第三轮做客秘鲁时遇上了麻烦，尽管里瓦尔多点球帮助球队首开记录，可他们还是在客场被秘鲁队顽强逼平。
阿根廷队在主场依旧火力全开，达利桑德罗、克雷斯波和艾马尔的进球帮助他们3:0拿下了玻利维亚。
乌拉圭和巴拉圭在各自主场高奏凯歌，他们都以2:1的比分，分别战胜了到访的智利和厄瓜多尔。同样是主场作战，哥伦比亚继续低迷表现，0:1不敌委内瑞拉遭遇三连败。
恐怕谁也不会想到，小组垫底一分未得的哥伦比亚队竟然会从阿根廷队身上拿到一分。尽管克雷斯波的进球帮助阿根廷在客场领先，可安赫尔下半场刚开始的进球还是让最终比分变成了1:1。
第四轮同样郁闷的还有巴西队，在他们的主场，罗纳尔多和卡卡的进球一度帮助他们半场2:0领先，似乎一场胜利板上钉钉。
谁知下半场比赛风云突变，乌拉圭队竟然在弗兰的率领下连进三球，弗兰本人完成梅开二度。
本轮的主队似乎运气都不好，智利在主场一球不敌巴拉圭，厄瓜多尔则是闷平秘鲁。委内瑞拉是本轮唯一赢球的主队，他们2:1拿下了玻利维亚。
至此，2003年内的南美洲世界杯预选赛比赛全部结束，巴拉圭有些出人意料的占据了积分榜第一。南美双雄则是并驾齐驱，都以一分之差紧随其后。
等到南美洲世预赛再次开打已经是2004年3月30日的事了，又是克雷斯波的进球帮助阿根廷主场1:0击败了厄瓜多尔。玻利维亚则是在主场两球不敌智利。
一天后剩余三场比赛开打，结果主场作战的球队无一胜绩。乌拉圭0:3惨败委内瑞拉，秘鲁也0:2不敌哥伦比亚。巴拉圭虽然同样没有赢球，却顽强的0:0逼平了巴西队。
2004年6月2日，此次南美洲世预赛的重头戏终于到来，巴西队在主场迎战阿根廷队。比赛中罗纳尔多上演帽子戏法，可他的三粒进球都是点球，阿根廷队仅仅是由索林打进一球，最终只能无奈在客场吞下1:3失利的结果。同一天另一场比赛中厄瓜多尔主场2:1击败哥伦比亚。
其余三场比赛则在一天前已经结束，玻利维亚主场2:1击败巴拉圭。委内瑞拉和乌拉圭就没这么好运了，在各自的主场分别0:1不敌智利和1:3不敌秘鲁。
再输给巴西队四天后，阿根廷人似乎依旧没有缓过神来，他们在主场被巴拉圭队0:0逼平，遭遇两场不胜。
巴西队也未能继续延续强势表现，在智利，他们曾凭借法比亚诺的进球一度长时间保持领先，可智利队最后时刻的进球让巴西队到手的三分变成了一分。
其余场次中厄瓜多尔3:2击败到访的玻利维亚，秘鲁则是在主场与委内瑞拉0:0握手言和。哥伦比亚有些出人意料的在主场5:0横扫乌拉圭。
9月5日，南美洲世预赛第8轮继续精彩上演。罗萨莱斯的进球帮助阿根廷在客场领先，但下半场秘鲁队将比分扳平，难道熟悉的剧情又要上演？好在科洛奇尼迅速将比分再次反超，索林则是在最后时刻将比分锁定在了3:1。
巴西队也是状态回勇，罗纳尔多、小罗、阿德里亚诺的进球帮助他们在上半场比赛就三球领先玻利维亚，虽然下半场比赛开始没多久埃德米尔森打进乌龙球，但丝毫不影响巴西队在主场收获胜利。
卡洛斯-布埃诺的进球帮助乌拉圭队主场1:0拿下厄瓜多尔队，结束了尴尬的三连败和四轮不胜。
一天后本轮再上演两场对决，巴拉圭主场1:0击败委内瑞拉，智利则是和哥伦比亚0:0握手言和。
2004年9月14日，这一天没有比赛，却从阿根廷传来一个劲爆消息，阿根廷队主教练贝尔萨宣布辞职。此时阿根廷队暂居积分榜第二，仅落后巴西一分，领先第五名厄瓜多尔五分，按理说成绩还算可以。
对此贝尔萨给出的理由是他已经失去了动力，但明眼人都知道，真正造成这名疯子主教练辞职的是其与阿根廷足协主席格隆多纳的矛盾。贝尔萨的辞职颇让人感到可惜，要知道在夏天刚刚结束的奥运会上，他率领阿根廷国奥队获得了该国历史上的第一块奥运会金牌。
贝尔萨辞职后，阿根廷足协曾中意比安奇，但遭到了他的拒绝。最终曾带领阿根廷队青年队三夺世青赛冠军的佩克尔曼接过教鞭，成为新一任阿根廷国家队主教练。
佩克尔曼的第一次考验是在10月9日进行的阿根廷主场与乌拉圭的比赛，凭借菲格罗亚的梅开二度以及卢乔-冈萨雷斯和萨内蒂的进球，阿根廷队在主场4:2轻松击败乌拉圭队。
巴西队同样表现强势，卡卡、罗纳尔多纷纷完成梅开二度，阿德里亚诺也在比赛中取得进球。火力全开的巴西队在客场5:2拿下委内瑞拉。
厄瓜多尔和智利的比赛是本轮最晚进行的，在10月11日进行的这场比赛中，厄瓜多尔在主场2:0击败了智利。
至此，2006世界杯南美洲预选赛第一循环的比赛已经结束，南美双雄位列积分榜前两位，出线形势大好。